Sebastián Santos Calero ha sido el encargado de restaurar la obra.

El boceto de barro cocido y policromado, del Señor de la Sagrada Cena, realizado por Sebastián Santos Rojas entre 1954 y 1955, previo su realización en madera ha sido restaurado por Sebastián Santos Calero; catedrático de Escultura de la Universidad de Sevilla y académico Numerario de la Real Academia de Bellas Artes de Sevilla.

La cabeza mostraba un alto grado de suciedad y deterioro, con numerosas pérdidas en la capa pictórica que afectaban la totalidad del rostro, el cuello y parte del pecho, incluyendo desprendimientos y manchas en el rostro, barba, cuello y en algunas áreas del cabello. La frente presentaba zonas de pintura quemada, probablemente por la exposición a velas colocadas cerca del busto.

Se procedió a la eliminación de polvo compactado y otros elementos adheridos en toda la imagen mediante agentes orgánicos, siguiendo la técnica habitual del autor, Sebastián Santos Rojas, en sus trabajos de restauración, un método que transmitió a sus hijos, Sebastián y Jesús. Posteriormente, tras el secado de la primera capa de goma laca, se aplicó una segunda capa, esta vez de óleo, que fue lustrada con tripa de borrego.

No se utilizó estuco en las áreas con pérdidas; en cambio, se igualaron los bordes entre las zonas de lagunas y aquellas que permanecían intactas usando ligas de agua. Tras nivelar las diferencias de grosor, se realizó la reintegración pictórica de manera intensiva en la frente, la nariz, el labio inferior y el resto de la cabeza, incluidos el cuello y el esternón.

El acabado final se realizó mediante dos capas de barniz mate aplicadas con brocha de pelo de poni. Para la primera capa, el barniz fue calentado al baño maría hasta alcanzar una textura fluida. En la segunda capa, el barniz fue diluido en las proporciones adecuadas. La intervención concluyó con la aplicación de varias capas de cera.

A lo largo del proceso se emplearon los instrumentos y métodos de restauración que el restaurador había aprendido de su padre, autor de la obra.